故事承接前作。
暗影大帝借助小樱的异化之躯，获得了难以想象的力量，妄图献祭霓虹大陆，成为“超越神”的存在。
最终被雄兵连打败！
小樱牺牲自己，保全了整个世界。
在电影最后的彩蛋环节中，一团碎肉被检测出生命反应，逐渐凝聚成心脏的模样。专家破解了“异化细胞”的奥秘，原来这是一种外星文明制造的“资源收集器”。
这一段彩蛋，也被观众视为“小樱复活”的预告。
毕竟黑猪叔叔说过，只要“凋零之花”手办卖得好，小樱绝对、绝对会复活！
孟叔叔从不骗人。
他答应的事，无论如何都会做到。凋零之花手办卖得这么火，小樱在《雄兵连Ⅱ》中复活，这是毫无悬念的事。
在本作中，破解完小樱体内的异化细胞后，专家们利用“培养皿”，打算人工繁殖出一只小樱。
计划进行得很顺利！
投入各种金属、矿石、放射性物质后，那团“心脏状碎肉”很快就繁殖为肉球，小樱复活有望！
可这时候，来自黔州天眼的一则消息，惊动了整个世界。
一艘神秘星舰，正以极快的速度逼……
(ò﹏ò)
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