太阳逐渐西落，柯南背着书包心事重重地回到侦探事务所。
新出智明回来之后，他意外地再次发现了黑衣组织的踪迹，跟着痕迹追查下去，发现了刚刚死去不久的电脑工程师板仓卓，对方正受组织的委托编写一种危险的软件。
在他的日记里，板仓卓说这款软件危害到全人类，所以并没有完成。板仓卓原本是打算在交货日前离开日本，但谁知意外死亡。
发现这些信息的他欣喜之余并没有联系其他人，和阿笠博士两个人悄悄地去了板仓卓的住址。那天刚好是交货的日子，他到达住处之后搜查板仓卓屋子里的资料，还没多久，伏特加的电话打了过来。
他冒险用板仓卓的声音跟对方交涉，约定凌晨四点在车站的地下室铁柜交货。他试图得到伏特加的指纹、唾液，并且在软件盒子里装了发信器，想要找到黑衣组织的所在地。
但谁曾想除了伏特加之外，琴酒也来了。
不同于伏特加这个粗心的大个子，琴酒的观察能力和推理能力都是一流的，轻而易举地就看出了他的手段，并推测放置东西的人还藏……
(ò﹏ò)
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